Письмо ФНС от 02.10.2019 № БС-4-11/20039.
Налоговым агентам, возвращающим физлицам излишне удержанный (например, из-за перерасчета) НДФЛ, необходим сдать уточненный расчет 6-НДФЛ.
Сумма возвращенного налога отражается в 6-НДФЛ именно в том периоде, когда был произведен возврат. К примеру, если в январе 2020 года налоговый агент будет возвращать физлицу излишне удержанный налог с дохода, полученного в 2019 году, возвращенную сумму следует отразить по строке 090 «Сумма налога, возвращенная налоговым агентом» раздела 1 расчета 6-НДФЛ за первый квартал 2020 года. По разделу 2 эта сумма проходить не будет.
Налоговая служба также считает, что в данной ситуации налоговый агент обязан представить ещё и уточненный 6-НДФЛ за соответствующий период 2019 года, в котором необходимо откорректировать только раздел 1 (раздел 2 остается неизменным). В уточненном расчете по строке 040 «Сумма исчисленного налога» нужно отразить итоговую сумму налога (получившуюся после перерасчета), а по строке 070 «Сумма удержанного налога» — сумму налога, который был на самом деле удержан. Таким образом, налоговики сразу увидят, откуда взялась возвращенная впоследствии сумма налога.