Письмо Минфина от 15.03.2018 № 03-02-07/1/16043.
В случае неперечисления (несвоевременного перечисления) организацией очередного платежа по налогу, сотрудники ИФНС не должны начислять по нему пени, если у организации есть переплата, которая больше или равна текущему платежу по этому налогу. Причиной тому является факт, что при наличии излишне уплаченного налога за предыдущий отчетный период, эта сумма зачитывается в счет исполнения налоговых обязательств за последующий отчетный период. Следовательно, если суммы переплаты хватает на то, чтобы перекрыть потенциальную задолженность, недоимка вовсе не возникнет, а значит и пени начислять не на что.
По той же причине наличие переплаты по налогу может спасти и от штрафа за неуплату (неполную уплату) налога. Или, как минимум, уменьшить сумму штрафных санкций.